房产证是在住建局还是自然资源局？

都是的。在机构改革前，有房产局，或建设局，或住建局，房产证就是放在以上局里的。机构改革后，以上的局，包括规划局，都合并成自然资源局，所以，房产证是在自然资源局，申请办理房产证和用房产证办理抵押登记，都在自然资源局，或者是其下属二级机构。